Xưa kia, trước chùa là bến của một lạch sông thông ra sông Đá Bạc. Chùa được dựng bên ngã ba đường bộ: Một ngả về kinh đô Thăng Long, một ngả về thủ phủ An Bang (Quảng Ninh ngày nay), còn một ngả đi vào núi Yên Tử.

Vào thời kỳ Thiền phái Trúc Lâm phát triển, Phật tử các nơi tìm về Yên Tử để an cư, cầu đạo, ngôi chùa Bí Thượng được dựng lên, tham gia vào hệ thống chùa Yên Tử với tư cách Chùa Trình, là trạm dừng chân cho khách giữa độ đường trước khi hành hương vào Yên Tử.

Chùa xưa không còn vì thiên tai, địch họa, chỉ còn lại nền móng và gian hậu cung xây chắp vá, tạm bợ. Năm 2006, chùa Bí Thượng được xây dựng và mở rộng với quy mô to lớn như hiện nay.

Ngôi chùa có kiến trúc kiểu “nội công (工) ngoại quốc (国)”; có Tiền Đường, Chính Điện thờ Phật; có Tả vu, Hữu vu thờ Thập bát La Hán; có Hậu Đường thờ Tam Tổ Trúc Lâm; có điện thờ Tam Tòa Thánh Mẫu và Tam Vương theo tín ngưỡng dân gian truyền thống của người Việt.

Phía Đông của chùa là Trụ sở Ban Trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam tỉnh Quảng Ninh.

Chùa nay không chỉ là nơi chư Tăng trong và ngoài tỉnh về an cư 3 tháng hạ mà còn là nơi thường xuyên tổ chức các hoạt động Phật sự của tỉnh hội PG Quảng Ninh, cũng như thường xuyên tổ chức các khóa tu, các khóa lễ lớn cho các hàng Phật tử xa gần. Trụ trì hiện là Thượng tọa Thích Thanh Quyết - Viện trưởng Học viện Phật giáo Việt Nam tại Hà Nội.

Chúng ta cùng xem một số góc cảnh tại chùa trong một buổi chiều nắng hạ với những luồng sinh khí mới, sau nhiều năm được trùng tu, tôn tạo và chư Tăng, Ni, Phật tử quy tụ về đây tu học ngày một đông.